Лікування багато в чому залежить від першопричини. Так, у разі розвитку запалення на тлі паразитарних патологій, ветеринар призначить відповідний препарат для їх знищення. При пухлинах рекомендується їх терміново видаляти в ході хірургічної операції (якщо вони операбельні, звичайно). Інакше призначається радіо- та хіміотерапія. Основна мета лікування полягає в тому, щоб вилікувати основну проблему після усунення якої сам проктит піде на спад. Але, очевидно, у разі варто прагнути максимально знизити інтенсивність запальної реакції. Якщо немає якихось протипоказань, для цього цілком підійдуть нестероїдні протизапальні препарати.
У випадках, коли є ризик розвитку вторинних інфекцій, призначаються антибіотики широкого спектра. Їхнє ж застосування виправдане в післяопераційний період, оскільки в цей час організм тварини сильно ослаблений, і не може захиститися від дії патогенних мікроорганізмів. У період лікування буде корисним призначення загальнозміцнювальних та вітамінних препаратів, оскільки їх застосування добре позначається на неспецифічній резистентності організму.