Ефективна профілактика сальмонельозу у собак передбачає проведення комплексу заходів, що включає ізоляцію хворих собак, дезінфекцію, покращення умов їх утримання, покращення харчування. Одне з головних джерел зараження - корми, які інфіковані сальмонелами. Тому необхідно врахувати, що в місцях наявності сальмонельозу серед господарських тварин собаки можуть хворіти частіше через більш високий ризик контакту зі збудниками.
Крім прямого проникнення сальмонел в обсеменённых субпродуктах, підвищується кількість носіїв сальмонели, що забруднюють довкілля і посилюють ризик проникнення сальмонел в організми сприйнятливих собак. Таким чином, у господарствах, що характеризуються неблагополучною обстановкою щодо сальмонельозів господарських тварин, потрібно стежити, щоб собаки не вживали сирі м'ясо та субпродукти, трупи дрібних тварин та молоко. У разі гострої необхідності слід обов'язково здійснювати їхню термообробку.
Щоб не допустити, знизити ризик зараження собак на сальмонельоз, дуже важливо своєчасно провакцинувати тварину, використовуючи моно- або полівакцини.