Після зараження кішки виступають як проміжні господарі, тяжкість клінічного перебігу захворювання може бути різною. Тим не менш, найчастіше відзначають: підвищення температури (від 40 до 41°С), млявість, задишку, збільшення лімфатичних вузлів, блювання, діарею, жовтяницю, ураження дихальних шляхів, неврологічні ознаки (ступор, атаксія, судоми, часткова або повна сліпота та ін), захворювання очей (передній увеїт і т.д.). 

Слід зазначити, що з токсоплазмозі захворювання очей розвиваються найчастіше проти іншими супутніми ознаками. Припускають, що це пов'язано з циркуляцією імунних комплексів, які відіграють важливу роль у розвитку офтальмологічних симптомів, внаслідок чого можуть проявлятися без системних клінічних ознак захворювання.

Всі перераховані вище клінічні ознаки можуть зберігатися протягом декількох днів і навіть до декількох місяців. Теоретично, може бути вражений будь-який орган, таким чином клінічні ознаки дуже мінливі. Центральна нервова система уражається у кішок порівняно рідко. Проведені гістологічні дослідження показали, частка таких кішок становить лише 7%. За наявності супутнього захворювання (переважно вірусний імунодефіцит кішок або інфекційний перитоніт) токсоплазмоз протікає важче.

Епізоотологічні дослідження показали, що клінічний токсоплазмоз найбільш поширений серед дорослих бездомних (бродячих) кішок, а також у домашніх кішок, які харчуються гризунами (мишами та щурами). Така статистика пояснюється вищим ризиком інфікування і не залежить від віку та статі кішки. Крім того, токсоплазмоз важче протікає у кошенят, які придбали інфекцію внутрішньоутробно, у цьому випадку захворювання може бути летальним. 

Найбільш типовими клінічними ознаками у кошенят є анорексія, млявість та раптова смерть. На розтині найчастіше реєструють гепатит (понад 75% печінки руйнується в результаті токсоплазмової інфекції), ураження легень (дифузний набряк, витікання з носа). Описані випадки, коли у кошенят розвивається енцефаліт, тварини можуть безперервно спати, вони можуть мати ознаки гіперестезії або порушення координації. В результаті кошенята не здатні харчуватися і вмирають протягом декількох днів.