Лікування кон'юнктивіту безпосередньо залежить від причини його виникнення. Якщо запалення було спричинене потраплянням чужорідного тіла - необхідно його видалити та ретельно промити око стерильним фізіологічним розчином. 

У разі інфекцій верхніх дихальних шляхів (каліцивіроз, хламідіоз тощо) лікування кон'юнктивіту підтримуюче, до вирішення причини його появи. Можуть використовуватися антибіотики, наприклад, тетрациклінова мазь. Якщо кішка перехворіла на герпес (інфекційний ринотрахеїт), вірус залишається в організмі, і в результаті стресів кон'юнктивіт може виникати до кінця життя. 

Якщо кон'юнктивіт спричинений іншими захворюваннями очей, використовується специфічне лікування залежно від виду захворювання. 

У разі появи кон'юнктивіту в кішки через дрібнодисперсні подразники, наприклад, цигарковий дим, необхідно насамперед усунути причину, не палити в кімнаті, де мешкає кішка, і не використовувати там аерозолі, або прибирати кішку на час використання, а потім ретельно провітрювати кімнату.